Il Consiglio Regionale, istituito con la modifica allo Statuto approvato in sede di Assemblea Congressuale il 30 settembre 2009,  è l’organo di indirizzo delle politiche di governo locale e regionale dell’Associazione (v. art. 9 comma 1).

Il Consiglio regionale è composto dal Presidente dell'Anci Toscana, e da un massimo di 80 membri eletti dall’Assemblea Congressuale e dai dieci Sindaci dei Comuni capoluogo di provincia o loro delegati. Non meno dei due terzi dei Consiglieri regionali eletti dall'Assemblea Congressuale devono essere Sindaci. Di norma i Consiglieri regionali rappresentano tutte le realtà territoriali toscane. 
Alle riunioni del Consiglio regionale partecipano senza diritto di voto i Presidenti regionali di Federsanità, dell’Uncem, della Confservizi Cispel, della Lega delle Autonomie Locali, del Consiglio delle Autonomie locali e dell’UPI Toscana (v. art. 9 comma 2 e 3).

Come previsto dall'art. 9 comma 1 dello Statuto, l'organo in particolare:

A. delibera le linee programmatiche dell’Associazione;
B. approva il bilancio preventivo ed il bilancio consuntivo dell'Associazione adottato dal Consiglio direttivo e ratifica, nella prima seduta successiva, le variazioni di bilancio apportate in via d’urgenza dal Consiglio Direttivo;
C. approva i regolamenti sul funzionamento degli organi;
D. nomina, nella sua prima seduta, il Comitato direttivo;
E. nomina, nella sua prima seduta, il Collegio dei Revisori dei conti;
F. nomina, nella sua prima seduta e su proposta del Presidente, il Segretario Generale dell’Associazione per un quinquennio.
G. esamina e decide circa le questioni che gli sono sottoposte dal Consiglio direttivo;
H. delibera in materia di quote associative.